生态工程，乃由应用生态学家所提出，或称生态科技(ecotechnology)，乃藉由对自然界的管理，辅助传统性工程方法，以致力于人类与自然系统之协调。基于对生态系统的深入了解，生态工程之基础为系统之自我组织功能，设计一新的生态系统之工程，利用科技方法于生态系统之管理，以追求成本及对环境伤害的最小化，透过人类社会与自然环境的共同设计、安排，使两者皆能获利。生态工程观念，以生态系之自我设计能力为基础，强调透过人类社会与自然环境间之设计安排以达彼此互利共生，并视生产、消费后之物质为一副产品，透过循环再利用以达减废的目标，进而达到永续发展的实现。这种强调人与自然界间和谐发展之观念早在一百年前便已有具体之行动，当时乃利用湿地来处理社区的污水以达污水自净的效果。中国式之农村社会亦有结合饲养家畜、养殖地、以及作物栽培等不同生产系统之方式，再循环、利用有机质之例子。但人们真正开始有目的使用湿地来处理污水则是起源于1960年代的早期。生态学家H. T. Odum曾于1962年提出应用自我组织于生态工程的观念，并先后于1967年及1973年应用此观念于咸水湖及湿地。至于固态废弃物，有机物乃以堆肥加以处理，使其成为有机肥，助益农业系统之运作；无机物则以回收、再利用于经济系统，使其在减少生态经济系统压力的同时，亦提昇了自给自足的能力。生态工程方法与应用，基本上可概分为四类：(1)利用生态系统来减轻或解决污染问题，如利用湿地再循环养分； (2)以人造生态系统，仿自然界之自我设计功能，减轻或解决污染问题，例如利用滞留池调节水文、人造湿地处理污水； (3)将遭受破坏之生态系加以复育，再生其自我设计之功能，例如湖泊复育；以及(4)在维持人与环境间互利共生之生态原则下，利用生态资源，例如森林管理。
