显微镜是一种可以将物体影像放大的工具,可用来观察小至肉眼看不见的物体(例如微生物)。显微镜是运用在观察微生物世界最基本的工具,其种类有:亮视野(bright-field)、暗视野(dark-field)、紫外线(ultraviolet)、萤光(fluorescence)、位相差(phase contrast)、干扰(interference)显微镜,以及穿透式电子显微镜(transmission electron microscope, TEM)、扫描式电子显微镜(scanning electron microscope, SEM)。