为微生物分类学上的一个单位，在分类学上微生物可依据界(kingdom)、门(phylum)、纲(class)、目(order)、科(family)、属(genus)、种(species)来分类。其中是将一群分离出来的菌株，彼此间有相似性而与其他菌有明显的不同且能彼此杂交产生具有生育能力的后代者归于同一种。而种以下又以亚种(subspecies)细分其型态的差异，亚种以下再依来源的不同细分为不同的菌株(strain)，因此，菌株为一个或一群具有已知型态生物（例如细菌或真菌）的共同特性或某一特别属种之共同特性的细胞。[P. Singleton and D. Sainsburg, Dictionary of Microbiology, 1978]
